RMarkdown: Analisi riproducibili, presentazioni, report e molto altro in un unico ed elegante file

Conduttore: Ottavia Epifania
Periodo previsto: secondo semestre A.A 2022/2023

Capita a tutte le ricercatrici e a tutti i ricercatori di svolgere le analisi con un software e di esportare i risultati ottenuti manualmente in un secondo software per la preparazione di presentazioni, paper scientifici o report. Una procedura del genere, oltre che essere dispendiosa in termini di tempo, rischia anche di portare a commettere numerosi errori. Inoltre, non rende accessibile il codice usato per le analisi, compromettendone la replicabilità. RStudio fornisce la possibilità di svolgere le analisi e trasformale automaticamente in eleganti (ma soprattutto riproducibili) report, presentazioni, paper e tesi di laurea grazie a RMarkdown. In questo modo, il codice utilizzato, le analisi e i loro risultati e i report basati su di essi vivono nello stesso file. In questo corso di 20 ore viene presentato l’uso di RMarkdown per la stesura di documenti con riferimenti bibliografici e per la preparazione di presentazioni, in versione statica (pdf) e dinamica (html). In quest’ultimo caso, viene anche presentata la possibilità di inserire all’interno dei documenti generati con RMarkdown delle app interattive, generate con il pacchetto shiny. Per la partecipazione al corso è necessaria una conoscenza base nell’uso di R. Il materiale del corso è interamente disponibile nella repository GitHub https://github.com/OttaviaE/CorsoRmarkdown.

Programma lezioni:

  1. Introduzione a RMarkdown: Principi e comandi di base
  2. Report, articoli, tesi con RMarkdown in HTML e PDF e integrazione con LATEX (con esercitazione pratica)
  3. Presentazioni con RMarkdown in HTML e PDF e integrazione con LATEX (con esercitazione pratica)
  4. Presentazioni e file HTML interattivi: RMarkdown e shiny
  5. Analisi dei dati e report diretto dei risultati con RMarkdown